A evolução pode ser, por si só, muito surpreendente. Muitas vezes, pode parecer que as adaptações variadas e específicas usadas por muitos organismos desafiam a lógica. A simbiose só faz isso parecer mais improvável - como poderiam duas espécies separadas desenvolver características que só acontecem para que se encaixem tão perfeitamente juntas? Na verdade, muitas pessoas que questionam a evolução apontam a simbiose como "prova" de que isso não poderia acontecer naturalmente.

O sucesso ou fracasso das características depende da pressão da população - circunstâncias que tornam mais difícil a sobrevivência do indivíduo. As características que permitem que uma criatura tire vantagem de outras formas de vida em seu ambiente terão tanto sucesso quanto as características que a permitem escapar delas (ou comê-las).
A maioria das relações simbióticas provavelmente começou como facultativa. Por muitas gerações, os organismos passaram a depender mais da simbiose porque a seleção natural favoreceu determinadas características em detrimento de outras. Eventualmente, a simbiose se tornou a única fonte de alimento, abrigo, enzima ou qualquer outra coisa que os simbiontes extraíam uns dos outros.
Uma outra maneira de olhar a simbiose é como a caixa de ferramentas da evolução. As árvores necessitam de nutrientes encontrados em solo profundo. Elas poderiam desenvolver sistemas de enraizamento mais eficientes que permitissem que elas mesmas extraíssem os nutrientes - na realidade, muitas árvores têm esse sistema. Mas isso pode tomar muito tempo (dezenas de milhares de anos ou mais) e poderia não acontecer de maneira alguma. Acontece que os fungos já têm essa capacidade. Quando as duas espécies se encontram em íntima proximidade, é mais rápido desenvolver uma maneira de incorporar a "ferramenta" já disponível para o outro organismo do que inventar outro meio.
Alguns biólogos são defensores de uma teoria conhecida como simbiogênese. Essa teoria, que tem aceitação bastante ampla, sugere que a simbiose é realmente a chave para as origens da complexa vida na Terra. Os teóricos da simbiogênese acreditam que a crescente diversidade de micróbios entrou em uma série de relações simbióticas, com diferentes micróbios desempenhando tarefas vitais para as suas existências. Essas relações desenvolveram relações estreitamente integradas de micróbios recíprocos, cada um atuando como um dente da engrenagem na máquina. Eles eventualmente desenvolveram um invólucro que abriga a todos. Os micróbios que construíram esse "time" se tornaram as partes de uma célula: mitocôndria, núcleos, ribossomos.
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