Quando pensamos na relação entre os microorganismos e a saúde humana, a primeira idéia que nos surge é uma só: doenças. Sem dúvida este é um aspecto importante, mas a nossa relação com os microorganismos é muito mais do que isso. Em nossa pele, ouvidos, cavidade oral e vias aéreas superiores, órgãos genitais e principalmente no aparelho digestivo, mais significativamente nos intestinos pululam microorganismos, especialmente bactérias, sendo as mais comuns dos gêneros Staphylococcus e Streptococcus. Esta relação é tão íntima e importante que alguns pesquisadores chegam a afirmar que não somos inteiramente humanos. Parece exagero, porém há muito se sabe que 50% a 70 % do peso seco das fezes humanas é composto de microorganismos. Mas, os números são mais surpreendentes ainda. Há estimativas de que algo em torno de 90% das células que formam nosso intestino são compostas por bactérias - são aproximadamente 100 trilhões de microorganismos, com mais de mil espécies. Estima-se também que somente na boca haja pelo menos 800 espécies.
Mas, qual a importância delas para nós? Nossos intestinos são somente um reservatório de bactérias e outros microorganismos? A resposta é também surpreendente, pois estes minúsculos seres, que formam a chamada flora intestinal, realmente tiram proveito do local em que se encontram, obtendo proteção e nutrientes, mas nós também dependemos deles para as mais variadas funções. Muitas bactérias que ali residem sintetizam vitaminas como a K e algumas do complexo B, ajudam a degradar substâncias do nosso próprio metabolismo e outras como fibras e açúcares que não somos capazes de metabolizar. Além disso, a competição com outros microorganismos danosos ao nosso organismo que eventualmente venham a invadi-lo garante que estes não se proliferem. Muitas doenças estão relacionadas a este desequilíbrio entre a presença ou ausência dos microorganismos que residem em nós. Há ainda muito a ser investigado sobre a nossa relação com os microorganismos.
Mas, os microorganismos que se encontram harmonicamente vivendo em determinada região do nosso corpo, quando por qualquer motivo venham a parar em outra região, podem causar sérios danos. E há além desses, aqueles provenientes do ambiente externo, trazidos pela ingestão de água e alimentos, pelo ar, por aberturas na nossa pele e pelo contato com sangue ou fluídos corporais de uma pessoa infectada, além de picadas de insetos ou mordidas de animais.
A lista de doenças de origem microbiana é imensa, assim como as formas de tratamento e profilaxia, variando conforme o organismo em questão. Cada grupo de microorganismo possui características diferentes e mesmo dentro de um determinado grupo há um universo de formas de ação, assim bactérias, por exemplo, muitas vezes liberam toxinas que podem causar sérios danos ao organismo, ou vírus que infectam células específicas, a fim de se reproduzir, levando-as a destruição.