Voltemos às ilhas. Dado um tempo suficiente é possível ver como a especiação, isto é, o desenvolvimento de uma nova espécie pela evolução, poderia ocorrer entre São Bernardos e Chihuahuas em suas respectivas ilhas. O que aconteceria? O pool genético dos São Bernardos adquiriria mutações aleatórias compartilhadas por todos os São Bernardos da ilha (pelo cruzamento), e os Chihuahuas adquiririam um conjunto completamente diferente de mutações aleatórias, compartilhadas por todos os Chihuahuas de sua ilha. Esses dois pools genéticos acabariam por se tornar incompatíveis, ao ponto de as duas raças não poderem mais cruzar entre si. Nesse ponto, teríamos duas espécies distintas.
Em virtude da grande diferença de tamanho entre um São Bernardo e um Chihuahua, seria possível colocar os dois tipos de cães na mesma ilha e testemunhar a ocorrência do mesmo processo. Os São Bernardos cruzariam naturalmente apenas com São Bernardos e os Chihuahuas cruzariam naturalmente apenas com Chihuahuas, de modo que a especiação ainda ocorreria.
Se colocarmos dois grupos de Chihuahuas em duas ilha separadas, o processo também ocorreria. Os dois grupos acumulariam diferentes coleções de mutações em seus pools genéticos e, ao fim, se tornariam espécies diferentes, que não acasalariam uma com a outra.
A teoria da evolução propõe que o processo capaz de criar uma espécie separada do tipo Chihuahua e uma espécie do tipo São Bernardo é o mesmo que criou todas as espécies que vemos hoje. Quando uma espécie se separa em dois ou mais subconjuntos distintos, por exemplo, por causa de uma cordilheira, um oceano ou de uma diferença em tamanho, os subconjuntos assimilam diferentes mutações, criam pools genéticos diferentes e, ao fim, formam espécies distintas.
Mas foi assim mesmo que todas as diferentes espécies que vemos hoje se formaram? A maioria das pessoas concorda que as bactérias evoluem de forma diminuta (microevolução), mas existem controvérsias sobre a idéia da especiação (macroevolução). Vejamos as origens dessa controvérsia.