Quais são os caminhos para o controle da contaminação biológica? Esta pergunta não tem uma única resposta, pois atualmente com a magnitude e velocidade da interação entre as mais diversas regiões do mundo o problema só tende a se agravar. As necessidades de produção agropecuária e industrial juntamente o aumento do comércio mundial aumentam o risco da entrada cada vez maior e mais rapidamente de espécies exóticas, potencialmente invasoras em todos os cantos do planeta.
As medidas de controle para a contaminação são a prevenção através de quarentenas, maior fiscalização, enfim modos de evitar a entrada de potenciais riscos, porém poucos países têm legislações efetivas sobre o assunto. Outra alternativa é o controle das espécies já instaladas, o que é extremamente complexo e difícil, pois envolve remoção manual de plantas, a caça, o controle do território de propagação, ou seja, uma busca de contenção dos danos.
Entidades públicas como também não-governamentais buscam mecanismos de controle a redução dos impactos e do aumento da introdução de novas espécies exóticas. Devemos lembrar que a contaminação biológica não se restringe à escala de produção e ambiental, mas também ocorre em escala microbiológica, sendo importante a normatização e o controle da qualidade de alimentos e medicamentos.
Para tanto há legislações específicas e as mais diversas formas de produção, comercialização e destino dos rejeitos. Um exemplo importante é o destino dos resíduos de serviços de saúde, pois o material produzido em hospitais, laboratórios, farmácias e clínicas veterinárias, são um risco potencial de contaminação microbiológica principalmente em grandes centros urbanos, assim busca-se dar fim a este material geralmente sem reuso, através da incineração ou descontaminação, sendo que este tem seu destino final em aterros ou valas sépticas.